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重庆市万州区疾病预防控制中心系重庆市重点建设的区域性疾控中心，由原万县地区卫生防疫站改制而成。2005年原龙宝、天城、五桥三个县级疾病预防控制中心统一并入成立“重庆市万州区疾病预防控制中心”。本中心同时挂有“重庆市救灾防病应急处理中心万州分中心”、“重庆市中毒控制中心万州分中心”、“重庆市万州区健康教育所”、三块牌子，拥有工作用房18300平方米，高精尖设备仪器2000多万元，为全区及渝东北片区提供公共卫生服务。本中心为一类公益事业单位，行政级别副处级，是重庆医科大学、遵义医科大学、重庆医药高等专科学校、三峡医药高等专科学校的教学实习基地。截止2020年9月，中心现有职工总人数295人，其中在编在岗职工136人，派遣及承包职工18人，离退休职工141人。在编在岗专业技术人员116人，专技人员占85.3%，高级职称25人占专技人员的21.6%。

本中心主要承担急慢性传染病、慢性非传染病、地方病等疾病的预防控制；开展食品风险、公共场所卫生、饮水卫生、学校卫生、职业卫生、放射卫生等监测及评价工作；负责处置中毒，传染病爆发等突发公共卫生事件，提供重大公共活动卫生保障以及自然灾害的应急处理；开展健康教育与健康行为促进，国家基本公共卫生服务项目技术指导等工作。