自贡市疾控中心是财政全额保障的公益一类事业单位，设有15个业务科室和5个职能科室，现有职工133人，高级职称34人。是四川省第一个市级三级甲等疾控中心、国家新发传染病现场研究基地，建有四川省疾控系统首个院士（专家）工作站，西部唯一致病菌识别网地级实验室，四川省首个结核病耐药监测省级重点实验室。另有市级重点专科3个，拥有实验室资质认定、国家实验室认可、职业卫生技术服务机构资质等九项资质。

中心五年来参与国家标准制定1项，国家及省市立项科研课题20项，参与国家疾控中心、复旦大学承担的国家自然科学基金项目、中科院项目等6项；获得全国首次发现脓毒分枝杆菌、全省首次发现马赛分支杆菌以及分离出大肠杆菌O128：H45被国家收入标准菌株库的重大科研突破，获省市科技进步奖4项、国家级实用新型专利1项。