生物体如预测人类基因的数量大概在2万个到3万个之间。而真正在一个单细胞内表达的基因大约在4000-8000左右,所根据不同的表达谱,产生了不同的细胞类型,并且不同细胞的表达里同一基因的不同剪接体表达也存在差异,产生了不同的isoforms。在isoform的表达差异可能影响肿瘤细胞的发生和发展。利用生物软解分析细胞内的剪接体差异,对阐释肿瘤机制的有着重要意义。
现在将这月的主要工作情况总结如下:
一、学习方面
主要学习mRNA不同剪接体在细胞中功能,分析mRNA剪接体的具体流程。
(一)阅读文献
主要阅读关于关于怎样分析mRNA剪接体的文献,及分析流程。
(二)数据处理
利用软件包ballgown和IsoformSwitchAnalyzeR分析小鼠在敲出自噬基因背景下的mRNAisoform的差异表达,并预测剪接体的表达在蛋白的结构域和转录本蛋白编码能力及蛋白信号肽的影响。本研究主要分析自噬基因在mRNA剪接体的表达调控。